in the later afternoon还是in the late afternoon

两者都是正确的，但意思是不大一样，具体的不同如下

in the later afternoon中文意思是表示在稍后的下午的意思。

in the late afternoon中文意思是表示下午较晚的时候（比如傍晚5-6点）。

两者都是指同一天下午发生的事情。

例：

1、I told her I'd see her later in the afternoon. 我告诉她我下午过一会再来看她。

2、It was late in the afternoon 那是下午近黄昏的时候。